Древние Йоги считали третий глаз физическим органом зрения, располагавшийся некогда у некоторых животных в межбровье - на месте аджна-чакры. Третьим глазом принято считать эпифиз - шишковидную железу внутренней секреции, находящаяся в центре головы. У большинства людей эта железа маленькая, величиной с горошину. Размер этой железы характеризует возможные текущие сверхъестественные способности индивида.

Древнеиндийские философы также полагали, что эпифиз является органом ясновидения и органом размышлений о перевоплощениях души. Древнегреческие натурфилософы предполагали, что эпифиз является клапаном, который регулирует количество души, необходимое для установления психического равновесия. Первое описание анатомии эпифиза было сделано Галеном. Основываясь на том наблюдении, что эпифиз расположен вблизи от большой внутримозговой вены, Гален предположил, что он является регулятором лимфатических желез.

Для того, чтобы открыть третий глаз, нужно уметь чувствовать место шишковидной железы. При этом поступают следующим образом: концентрируется на середине межбровья, в результате чего появляется чувство не этого места, а как раз чувство третьего глаза. Поэтому всюду в йоге предписывают: сконцентрируйся на месте между бровями, что часто понимают неправильно и в результате начинают скашивать глаза.

Эпифиз также регулирует и тормозит функцию размножения организма, превращая половую энергию в созидательную духовную силу — оджас. Благодаря оджасу у человека просыпается внутреннее зрение. Если человек занимается духовными практиками, то третий глаз у него постепенно открывается и он видит различные сущности.